ひそかに＋（語尾）→ 人目を忍んだ → 秘密の・内密の
clandestine は、ラテン語の clandestinus「秘密の」から16世紀に入った語です。前半はラテン語の clam「ひそかに」で、ここは確かです。後半の -destinus がどこから来たのかは、はっきりしません。intestinus「内側の」をまねて作られたとする説があります。少なくとも destiny（運命）とは関係ありません。clam は「隠す」を表す celare と同じ祖先とされ、conceal（隠す）の遠い親戚です。「叫ぶ」の clam（claim の語根）とは別の語です。
（語源の出典・確認先：Online Etymology Dictionary ／ Merriam-Webster ／ Wiktionary 参考文献の一覧）
よく使う形：a clandestine meeting(秘密会合)
「クラン(一族)の運命(destine)は秘密裏に決まる」とこじつけ。secretの格調高い版
a clandestine meeting / operation（秘密の会合・作戦）。secret より改まり、違法や陰謀の響きがある。
受験ミニ情報 covert・surreptitious との言い換えが英検1級・難関大で出る。アクセントは第2音節 clan-DES-tine。
言い換え（同じような意味）
clandestine と同じ語源の単語です。パーツの意味から推理してみましょう。
clam(ひそかに)+-destinus(由来ははっきりしない)→ 人目を忍んで行われる clandestine は、ラテン語の clandestinus「秘密の」から16世紀に入った語です。前半はラテン語の clam「ひそかに」で、ここは確かです。
秘密の、隠密の（形容詞）。コアイメージは「人目を忍んでこっそり」です。
「クラン(一族)の運命(destine)は秘密裏に決まる」とこじつけ。secretの格調高い版 同じ語源の conceal・cell・occult とまとめて覚えると効率的です。
/klænˈdestɪn/（クランデスティン）。このページの「発音」ボタンで音声を聞けます。