芽 → 物事のはじまり → 病原菌
germ の元は、ラテン語の germen「芽・若枝」です。英語でも初めは「種や芽・物事の始まり」の意味でした。wheat germ（小麦胚芽）や the germ of an idea（考えの芽生え）に、その意味が残っています。19世紀後半、パスツールやコッホは、病気が目に見えない微生物で起こることを示しました。これを germ theory（病原菌説）と言います。それまでは悪い空気が病気を起こすとする説が強く、malaria はイタリア語の「悪い空気」です。
（語源の出典・確認先：Online Etymology Dictionary ／ Merriam-Webster ／ Wiktionary 参考文献の一覧）
よく使う形：the germ of an idea（考えの芽生え）
germ＝芽。小さく生まれて増えるもの→ばい菌。germinate（発芽する）と同じ。
日常では「ばい菌」の意味が中心。the germ of an idea（考えの芽）の比喩も長文に出る。
受験ミニ情報 g は「ジャ」の音で JERM。germinate（発芽する）は生物の長文、germane は難関大の語彙で出る。
言い換え（同じような意味）
germ と同じ語源の単語です。パーツの意味から推理してみましょう。
germen(芽)→物事の始まり→病原菌 germ の元は、ラテン語の germen「芽・若枝」です。英語でも初めは「種や芽・物事の始まり」の意味でした。
病原菌、ばい菌; 芽、胚; （物事の）始まり（名詞）。コアイメージは「これから育つ小さな芽」です。
germ＝芽。小さく生まれて増えるもの→ばい菌。germinate（発芽する）と同じ。 同じ語源の germinate・germane・germicide とまとめて覚えると効率的です。
/dʒɝːm/（ジャーム）。このページの「発音」ボタンで音声を聞けます。