It seems that S 過去形 ⇔ S seems to have done

seem より that 節の内容が「前の時」なら完了不定詞 to have done を使う。現在の seems に対する過去（was）も、過去の seemed に対する大過去（had been）も、どちらも to have done で表す。

• It seems that he was ill last week.
  彼は先週病気だったようだ。
• He seems to have been ill last week.
  彼は先週病気だったようだ。
• It seemed that he had been ill.
  彼は（それ以前に）病気だったようだった。
• He seemed to have been ill.
  彼は（それ以前に）病気だったようだった。

to have done は「時間を一つ過去へずらすスイッチ」。be said to have done、be believed to have done など受動態の書き換えでもまったく同じ仕組みで使われる。